ゲイル達海賊『JOKER』は、オークションで売られてしまったノアの妹、オルガを探すために情報収集をしていた。貴族が集まる仮面舞踏会の招待状を手に入れ、客船に忍び込むカレンとアンリだが…？

舞踏会の様子を報告し、陽動組とオルガ救出組に分かれるゲイル達。オルガは無事に救出されたが、足枷の鍵が見つからない。護衛から鍵を奪うため、エリックは単身船内を探すが…！？

オルガを無事に助け出し、何とか逃げ切れたゲイル達。だがカレンは塞ぎ込み、自分の部屋に閉じこもってしまった。夜、ゲイルは眠れていないカレンの部屋を訪れ、話を聞こうとするのだが…？カレンがエリックとなった経緯が、ついに彼女自身の口から語られる。

船から助け出されたオルガは、ゲイル達の船で療養していた。だんだんと元気になっていくが、彼女は自分の身体について皆には言っていないことがあり…？

時は4年前。傷を負ったアンリを連れ、ユーリはとある田舎町の診療所に助けを求める。医者の名はモーリス。拳銃を握ることしか知らなかった2人の手に、新たな役目を与えた人だった。

ゲイル達は拠点である下町ロヴェーレへ帰り、Café&Bar JOKERで懐かしい再会を果たした。新しい出会い、新しい情報も得て、次はオルガを故郷の島へ送り届けようとするのだが…？

ノアが一緒に故郷へ帰れないと聞き拒絶するオルガ。ノアはオルガと自分の過去を語り始める。冷たい世間の目に晒されながら生きてきたオルガを守っていたノア、父親のティム、母親のナタリー。でも幸せな暮らしは、長く続かなかった。

出港前にバルドに呼び出されたゲイルは、幼馴染ローズを死に追いやった敵ジョージに関する衝撃の事実を聞かされる。ゲイルはウィルと共に、それぞれのやり方で戦うと誓う。

とある月夜、カレンは船の甲板で、1人で盃を捧げるゲイルを見る。それはゲイルがかつて世話になった船長、イヴァンへの盃だった。そしてゲイルは、今まで話したことの無い自分の過去を語り始める。自由への渇望の裏に秘められた、抑圧された少年時代が明らかに…！

家を飛び出したゲイルが出会ったのは、海賊団の船長イヴァンだった。ゲイルはイヴァンや仲間達から様々なことを教わり、生き生きと海賊生活を謳歌するが、運命の歯車が狂い始める。

オルガも加わった新しいCafe&Bar JOKERへ帰ってきたゲイル達。記者のマシューはジョージを追い詰める記事を書いた報酬としてイヴァンの最期を教えてくれ言う。全てを聞いた彼の指摘を受け狼狽するゲイルだが、過去と向き合うことを決める。

ゲイルの因縁の相手、レオナルドがロヴェーレ方面へ向かっていると知り、ゲイル達は迎え撃つため船を進める。海上で出会った2隻は戦闘を開始するが、船には意外な人物が乗っていて…！？

ゲイルとルカは、先にロヴェーレへ向かっていたエリック達と無事合流。行くあての無くなったルカに、ゲイルは驚きの言葉をかける。そしてCafe&Bar JOKERでは、オルガがもてなしの準備をして皆の帰りを待っていた。JOKERS-Side Pirates-いよいよ完結！